Die Magdalenen-Klinik gehört zu den Niels-Stensen-Kliniken, dem katholischen Krankenhausverbund der Region Osnabrück. Die Magdalenen-Klinik GmbH ist eine 100%-Tochter der Niels-Stensen-Kliniken GmbH. 

Neben der Magdalenen-Klinik ist die Niels-Stensen-Kliniken GmbH Trägerin von sechs somatischen Krankenhäusern, zwei Altenpflegeheimen, einer Bildungseinrichtung für Berufe im Gesundheitswesen sowie einer Dienstleistungsgesellschaft. Durch die enge Kooperation mit abgestimmten Schwerpunkten können die Niels-Stensen-Kliniken qualitativ hochwertige medizinische und pflegerische Dienstleistungen erbringen.

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